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SUMMARY:Defensa Tesis Licenciatura Federico Patane
DESCRIPTION:Título: Estudio del uso de procesadores en aplicaciones de usuario\nAlumno: Federico Patane\nDirectores: David González Márquez y Esteban Mocskos\nJurados: Matías Nitsche y Facundo Carrillo \nResumen:\nDurante los últimos años\, la tendencia en la tecnología de los procesadores es incrementar la cantidad de núcleos en cada pastilla.\nEl estudio del uso de la concurrencia en los procesadores data de la aparición de los primeros multicores.\nEn trabajos realizados en los años 2000 y 2010 se concluyó que los desarrolladores de software no generan aplicaciones que hagan uso simultáneo de múltiples núcleos de cómputo. El presente trabajo se enfoca en la misma pregunta: luego de más de diez años de la aparición de los procesadores multicore\, ¿Han comenzado los desarrolladores a utilizar eficientemente estos recursos disponibles en la mayoría de los dispositivos y máquinas?\nEste trabajo se basa en la toma sistemática de trazas de uso de procesador en un laboratorio de PC’s durante jornadas de uso típico por parte de estudiantes de la carrera de Licenciatura en Ciencias de la Computación durante más de cuatro meses.\nSe estudia el uso concurrente del procesador tanto de manera global\, como individualmente por parte de distintas aplicaciones\, detectando patrones de uso.
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SUMMARY:Defensa Tesis Licenciatura Shai Martín Bianchi
DESCRIPTION:Título: «Estimación de la cápsula no-convexa de nubes de puntos por\npartición de la unidad»\nDirector: Francisco Gómez Fernández\nJurados: Taihú Piré (CONICET / UNR)\, Manuel Dubinsky (UBA / UNDAV) y Pablo De Cristóforis (CONICET / UBA) \nResumen:\nUn paso clave en los procedimientos de reconstrucción 3D suele ser el procesamiento de nubes de puntos que representan objetos de la vida real. Damos una taxonomı́a de los algoritmos empleados para dicha tarea e identificamos como nuestro foco a los que toman nubes de puntos orientadas y devuelven funciones de distancia con signo.\nElegimos dos de particular interés\, Non-Convex Hull Surfaces (NCH) y Multi-level Partition of Unity Implicits (MPU)\, estudiamos sus fundamentos teóricos y los contrastamos con\nobservaciones acerca de su comportamiento ante distintas configuraciones de sus parámetros. En el caso de NCH\, aportamos un nuevo análisis que compara detalladamente sus diferentes variantes en base a la teorı́a y sus resultados de reconstrucción. Por su parte\, mostramos que la parametrización de MPU sugerida en el artı́culo original no resulta de utilidad para nuestro conjunto de datos y proponemos un valor que nos provee reconstrucciones de mayor calidad. Por último\, presentamos un algoritmo nuevo que resulta de una combinación de los enfoques de los dos anteriores. Analizamos en detalle su comportamiento en base a una evaluación cuantitativa rigurosa de su calidad de reconstrucción utilizando el framework de benchmarking Reconbench. El nuevo método\, bautizado Partition of Unity Non-Convex Hull (PUNCH)\, exhibe una mejora muy marcada de tiempos de ejecución en comparación con su predecesor NCH sin perder capacidad de reconstrucción.\nMostramos por medio de una evaluación cuantitativa y cualitativa que PUNCH se compara favorablemente tanto con los dos algoritmos en los que se inspira como con Screened Poisson\, un método estándar en el área. \nPalabras claves: Reconstrucción 3D – Funciones implı́citas – Partición de la unidad
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LOCATION:Aula 4
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SUMMARY:Charla de la Carrera
DESCRIPTION:El viernes 1° de marzo a las 18:30 hs. nos encontraremos para nuestra clásica charla de la carrera de Computación junto con graduados y graduadas\, docentes y estudiantes de la carrera\, en el Hall del Pabellón I de Ciudad Universitaria. Será la primera del año! \n¿Te interesa saber qué hacemos? ¿Qué cosas vas a aprender? ¿Cuál es la salida laboral? Vamos a responder todas tus dudas. \nLa próxima será en marzo. ¡Vení\, que te esperamos! \nTenés varias formas de llegar: \nColectivos: líneas 28\, 33\, 34\, 37\, 42\, 45\, 107 y 160\nTren Línea Belgrano: estación Ciudad Universitaria\nSubte Línea C: hasta estación Retiro\, y luego combinación con tren Línea Belgrano
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LOCATION:Hall de Pabellón 1
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SUMMARY:Charla de Javier Fraire\, de Facebook Londres.
DESCRIPTION:TÍTULO: Rapid release at massive scale. How Facebook continuous delivery works. \nIDIOMA: Castellano \nDESCRIPCIÓN: En esta charla se presenta un breve panorama de cómo\nFacebook distribuye código a producción en todas sus plataformas (Web\,\nAndroid y iOS). Mostraremos como funciona el sistmea de «continuous\ndeployment» que nos permite distribuir código a producción a cada\nhora! Seguiremos el recorrido que hace un «commit» desde que es puesto\npara revisión hasta que alcanza al 100% de los usuarios. «Deployment»\nes un problema relativamente simple a escala pequeña pero puede causar\nmuchos dolores de cabeza a escala masiva. También hablaremos de los\nsistemas que utilizamos para hacer «A\B testing» y para hacer\n«rollouts» progresivos. Además\, se presentará la estrategia de\n«deployment» para plataformas móviles\, en donde existen muchas más\nrestricciones y limitaciones. \nBIOGRAFÍA BREVE: Javier Fraire Javier trabaja en Facebook como\nIngeniero de Software desde 2017\, en el equipo de «Workplace»\,\nhaciendo desarrollo para iOS principalmente\, pero también\ndesarrollando partes del backend. Antes de Facebook\, Javier se graduó\ndel ITBA en ingeniería informática. Durante su carrera trabajó en\nWolox\, una startup Argentina\, e hizo pasantías en Google\, en el equipo\nde Google Photos\, y Facebook\, en los equipos «Messenger» y «Sharing»\,\nen Silicon Valley. Su proyecto final fue «Procesamiento de bioseñales\nen tiempo real en universos interactivos». \n¡Los esperamos!
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SUMMARY:Defensa Tesis Licenciatura Julián Bayardo Spadafora
DESCRIPTION:Título: Aproximación Eficiente de la Cápsula No-Convexa para Reconstrucción de Superficies\nDirector: Francisco Gómez Fernández\nJurados: Emmanuel Iarussi (CONICET – UTN)\, Julio Jacobo (UBA) \nResumen:\nLa reconstrucción de superficies en tres dimensiones suele comenzar con una nube de puntos. Existen una multiplicidad de algoritmos utilizados para la reconstrucción\, según las distintas suposiciones que se puedan hacer sobre la nube (el tipo de objeto que representa\, o la metodología utilizada para obtenerla). \nEn este trabajo hacemos foco en un algoritmo denominado Naive Non-Convex Hull (Cápsula No-Convexa Ingenua)\, que reconstruye superficies utilizando un concepto similar a la Transformación del Eje Medial. Explicamos teoría a partir de la cual se llega al concepto de Cápsula No-Convexa\, demostramos múltiples propiedades con respecto a la misma\, y establecemos vínculos con otros conceptos utilizados en reconstrucción de superficies 3D\, como el Power Diagram (Diagrama de Laguerre-Voronoi) y la Transformación del Eje\nMedial. \nBasándonos en métodos de la literatura sobre la Transformación del Eje Medial\, creamos uno nuevo llamado Contracción de Planos (Shrinking Planes\, SP) para la Cápsula No Convexa\, corrigiendo en el proceso problemas de los métodos de referencia. Sobre el mismo demostramos propiedades de aproximación sin error\, y evaluamos su capacidad de reconstrucción rigurosamente a través de múltiples experimentos cuantitativos y cualitativos. El nuevo método\, además de lograr mantener la misma calidad de reconstrucción que el método original\, logra hacerlo con una marcada mejora en su velocidad de ejecución. \nPalabras claves: Reconstrucción de Superficies 3D\, Transformación del Eje Medial\, Geometría Constructiva Sólida\, Superficies Implícitas
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LOCATION:Aula E24
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SUMMARY:Defensa Tesis Licenciatura Tomás Gonzalez
DESCRIPTION:Título: Evaluación de implementaciones alternativas de colas concurrentes en Haskell.\nDirector: Hernán Melgratti\nJurado: Nicolás D’Ippolito y Christian Roldán.\n\nResumen\nEn este trabajo se realiza una comparación entre distintas maneras de implementar un mismo tipo de datos concurrente en el lenguaje de programación Haskell. El lenguaje provee varias alternativas para resolver los problemas de sincronización que surgen dentro del área de la programación concurrente. Entre ellas\, el trabajo se enfoca en las variantes libres de locks como el uso de la primitiva compare and set y la librería STM.\n\nSe llevo a cabo una experimentación para observar las diferencias entre las distintas implementaciones y se analizaron los resultados para determinar cuales son las implementaciones más apropiadas según varios contextos de uso. Para el análisis también se toma en cuenta la complejidad de los algoritmos y la consistencia en los resultados que producen.
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SUMMARY:Defensa Tesis Licenciatura Eduardo Perez Leale
DESCRIPTION:Título: Ampliando las capacidades de una aplicación de cómputo QM/MM utilizando GPU\nDirectores: Esteban Mocskos y Mariano Camilo González Lebrero\nJurados: Uriel Morzan y Pablo Turjanski \nResumen\nHoy en día\, la simulación numérica es una disciplina fundamental dentro de una gran cantidad de áreas de la ciencia y la tecnología. El uso de estas técnicas permite validar modelos teóricos así como también brindar información detallada (macro y microscópica)\ndel proceso simulado\, complementando el uso de las técnicas experimentales tradicionales.\nEste trabajo se enfoca en modificar el software de estructura electrónica LIO. Este código se basa en la teoría de los funcionales de la densidad (DFT) y permite estimar propiedades de sistemas moleculares de manera muy eficiente mediante el empleo de tarjetas gráficas (GPUs) en las partes más demandantes del cálculo.\nEn el esquema de DFT la calidad (así cómo el mayor costo) está dada por el cálculo de lo que se llama «energía de intercambio y correlación.\nPara esto existen múltiples «recetas» (llamadas funcionales de intercambio y correlación) que pueden ser convenientes para el tratamiento de diferentes sistemas o propiedades.\nLa versión original de LIO incluía un único funcional lo que limitaba sus capacidades.\nLibxc es una biblioteca de funcionales de intercambio y correlación para DFT diseñada para funcionar únicamente en CPU.\nEl desafío planteado en esta tesis es lograr la utilización de Libxc en LIO sin impacte en su performance.\nComo resultado de este trabajo se pudo lograr una ampliación de las capacidades del cómputo de LIO al vincularlo con Libxc con un impacto en la performance de alrededor de 4%.\nTambién se lograron identificar puntos clave en la implementación que permitirían continuar con las tareas de optimización.\nLas mejoras permiten que LIO pueda ser utilizada con una amplia gamma de algoritmos que realizan los cálculos de intercambio de energía y correlación lo que consecuentemente permite realizar simulaciones en condiciones más variadas.\nComo corolario de este trabajo se pudo estandarizar (aunque no automatizar) un procedimiento que permite realizar una traducción de los funcionales de la biblioteca Libxc para que puedan ser ejecutados en GPU.
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SUMMARY:Defensa Tesis Licenciatura Martín Ezequiel Langberg
DESCRIPTION:Título: Predicción de Patogenicidad en SNPs Usando Aprendizaje Automático\nDirectores: Ariel Berenstein y Pablo Turjanski\nJurados: Viviana Cotik y Marcelo Martí \nResumen \n\nEl estudio de enfermedades de origen genético ha tenido un desarrollo constante y acelerado en los últimos años en parte gracias a nuevas técnicas de secuenciación del genoma\, que permiten el análisis del material genético de pacientes a nivel de exomas y genomas completos con costos cada vez más reducidos y accesibles. En este contexto\, resulta de gran importancia la capacidad de identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs\, por sus siglas en inglés) causales de enfermedades humanas y diferenciarlos respecto de aquellos con efecto inocuo para el organismo. Dada la gran cantidad de SNPs presentes en el genoma humano\, esta línea de investigación ha cobrado un marcado interés por parte de la comunidad científica en general\, motivando esfuerzos interdisciplinarios\, en particular de trabajos que subyacen en la frontera de las ciencias de la computación y las ciencias biológicas.\nEn el presente trabajo\, mediante el uso de técnicas de aprendizaje automático supervisado convencionales hemos elaborado un método de predicción de patogenicidad para SNPs en regiones codificantes que resulten en un cambio de aminoácido\, normalmente referidas como SNPs con cambio de sentido.\nNuestro modelo de clasificación binaria\, se basa en las fuentes de Clinvar y Humsavar para clasificar el efecto patogénico de SNPs conocidos\, y en distintas fuentes de información para extraer variables que caractericen los SNPs desde distintas aristas biológicas.\nEn particular hemos explorado la importancia relativa y el poder predictivo de variables que den a cuenta del cambio estructural producido por el cambio de aminoácido (variación de energía\, superficie de exposición del aminoácido\, entre otras)\, variables de tipo físico-químico (hidrofobicidad\, aromaticidad\, polaridad\, etc) y de conservación a nivel genómico (PhyloP y PhastCons\, por ejemplo). Evaluamos la importancia relativa de cada una de estas dimensiones aplicando técnicas clásicas de aprendizaje automático supervisado: Regresión Logística\, Support Vector Machines y Random Forest. Finalmente\, evaluamos la combinación de las variables con una técnica más avanzada de aprendizaje automático\, XGBoost\, con el que alcanzamos un AUC de 0.90.
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SUMMARY:Defensa Tesis Licenciatura Laouen Mayal Louan Belloli
DESCRIPTION:Director: Gabriel Wainer\nJurados: Rodrigo Castro y Pablo Turjanski \nResumen\nEl modelado nos permite concentrarnos en los componentes que nos resultan más importantes de los fenómenos que estudiamos\, dejando de lado aquellos aspectos que no aportan información relevante. Para estudiar redes metabólicas\, tenemos primero que crear un modelo nuevo de la red para luego empezar a correr simulaciones y obtener resultados. Un problema importante en el área del modelado y simulación de células biológicas es la falta de generalización de los modelos propuestos\, cada modelo es creado para estudiar un aspecto específico de la célula biológica o para estudiar una célula biológica en particular. Debido a esto\, es difícil reutilizar dichos modelos. En este trabajo de tesis aplicamos algunos conceptos computacionales como la modularización e integración de modelos para mejorar la automatización e integración de modelos biológicos. Proponemos un modelo general de la estructura de una célula biológica que puede ser usada de framework donde diferentes modelos pueden ser integrados. También proponemos un modelo estocástico a micro escala de la red metabólica de una célula que es general y puede ser automáticamente reutilizada para estudiar redes metabólicas de distintas células biológicas. Debido a que un modelo de red metabólica a micro escala cuenta con miles de modelos atómicos idénticos\, introducimos en este trabajo el concepto de multi-state models\, que permite la unificación de múltiples modelos atómicos idénticos en uno solo. Finalmente\, proponemos un método para el modelado y simulación automático utilizando como input archivos SBML y una plataforma web que permite la utilización remota del sistema implementado\, esperando mejorar la colaboración entre distintos grupos de investigación al proponer el modelado y simulación como un servicio.
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SUMMARY:Defensa Tesis Doctorado Matías Bonaventura
DESCRIPTION:Título: Modelado y Simulación Híbrida de Redes Complejas de Datos \nDirector: Rodrigo Castro \nJurados:\n– Stenio Fernandes (University of Ottawa/Carleton University y Element AI Inc.\, Canada)\n– Verónica Gil Costa (CONICET/Universidad Nacional de San Luis\, Argentina)\n– Ricardo Piegaia (CONICET/Universidad de Buenos Aires\, Argentina) \nResumen: \nEn esta Tesis desarrollamos nuevas técnicas de modelado de redes de datos que combinan los enfoques discreto (paquete a paquete) y continuo (aproximaciones fluidas) para el estudio de dinámicas complejas. Introducimos nuevas herramientas teórico-prácticas de modelado y simulación para integrar de manera transparente modelos discretos y continuos bajo un marco híbrido\, formal y unificado. \nAdoptamos la red de adquisición de datos físicos (DAQ) del Experimento ATLAS en CERN como caso complejo y real de estudio para validar resultados obtenidos mediante simulaciones. Estas brindaron  soporte en la toma de decisiones durante procesos de diseño\, planificación de capacidad y puesta a punto en proyectos de ingeniería para redes futuras a implementarse en CERN entre 2021 y 2027. \nEl enfoque paquete a paquete provee resultados de grano fino cercanos a los observables en redes\nreales. Sin embargo\, la complejidad representada en los modelos hace a este enfoque usualmente inapropiado para la simulación de topologías muy grandes y/o tráfico de muy alta intensidad ya que los tiempos de simulación escalan al menos linealmente con el incremento de complejidad del sistema.\nPor su parte\, el enfoque fluido reduce la complejidad del modelo mediante aproximaciones con ecuaciones diferenciales ordinarias (ODE). Esto resulta en tiempos de simulación mucho menores\, generalmente independientes de la tasa de transferencia\, pero solo capturan dinámicas promedio o de grano grueso. Cada enfoque requiere conocimientos y herramientas sustancialmente diferentes\, por lo que expertos en redes suelen adoptar solo uno de ellos. Esto ha conducido a una diversificación de\nalgoritmos de simulación y a prácticas de análisis que dificultan la integración de estrategias. \nEn esta Tesis aportamos mecanismos que permiten la coexistencia e influencia mutua de modelos paquete a paquete con modelos fluidos bajo el formalismo Discrete EVent Systems specification\n(DEVS)\, reduciendo la brecha entre ambas técnicas. \nMostramos como los nuevos modelos híbridos mantienen las ventajas de los modelos fluidos en términos de tiempos de simulación\, a la vez que proveen trazas detalladas de los modelos paquete a paquete. Esto se logra bajo garantías formales de convergencia en los métodos numéricos de integración subyacentes. En particular\, extendimos la familia de métodos de integración numérica por cuantificación de estados (QSS) para la aproximación de ecuaciones diferenciales funcionales con retardos variables\, herramienta necesaria para describir la dinámica macroscópica de protocolos con control a lazo cerrado. \nComo aporte central se obtuvieron nuevas bibliotecas de modelos discretos\, continuos e híbridos para simulación escalable de redes de datos. Estas permiten elegir flexiblemente el nivel de  granularidad deseado\, manteniendo una experiencia de modelado intuitiva centrada en la definición modular y jerárquica de la topología de los sistemas bajo estudio.
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