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SUMMARY:Defensa Tesis Licenciatura Luciana Gorosito
DESCRIPTION:Título: Clasificación de proteínas usando maximal repeats: Desarrollo de funciones de distancia bajo un esquema de cambio de alfabeto\nDirector: Dr. Pablo Turjanski\nCo-Director: Dr. Diego Ferreiro\nJurados:\nDr. R. Gonzalo Parra\nDra. Verónica Becher \nImportante: Si bien la defensa coincide con una semana en la que se desarrollarán acciones vinculadas al reclamo por el cumplimiento de la Ley 27.795 de Financiamiento de la Educación Universitaria y la recomposición del salario docente\, la fecha había sido fijada con anterioridad a dicha convocatoria y se ha decidido mantenerla de manera excepcional\, dado que la estudiante iniciará una beca del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) a partir de abril. \nResumen: \n\nLas proteínas son macromoléculas esenciales para la vida\, caracterizadas por su gran diversidad funcional y estructural. Su clasificación resulta fundamental para permitir su estudio y compresión\, así como para facilitar la caracterización de nuevas secuencias. Tradicionalmente\, la clasificación estructural de proteínas se ha abordado mediante métodos basados en alineamiento de secuencias\, los cuales presentan limitaciones computacionales y conceptuales. En este trabajo se analiza el potencial de las repeticiones maximales (MRs) como base para el desarrollo de métodos libres de alineamiento para la clasificación estructural de familias de proteínas. Se propusieron esquemas de reducción de alfabeto sobre las secuencias de proteínas\, considerando un cambio de alfabeto previo (Pre-MRs) y posterior (Post-MRs) al cálculo de las repeticiones maximales. Ambos esquemas aplicados a funciones de distancia basadas en conjuntos de MRs\, mostraron ser capaces de preservar la capacidad de las funciones de distancia para distinguir entre familias de proteínas generadas al azar(control) y familias naturales\, aunque no permitieron recuperar agrupaciones estructurales de familias naturales entre sí. El esquema Post-MRs mostró poder recuperar esta separación incluso para alfabetos pequeños no triviales. Se exploraron además diferentes enfoques para el desarrollo de nuevas funciones de distancia. Se evaluó el potencial de usar las distancias contra las familias control como medida de agrupamiento\, mostrando que varias de ellas permiten discriminar entre familias generadas al azar y naturales. Se presenta una nueva función de distancia basada en una extensión y variante simple de una función de familiaridad basada en cobertura de MRs. La misma demostró\, al ser aplicada sobre familias de proteínas con el alfabeto original\, tener la capacidad para diferenciar entre familias control y naturales\, así como también para recuperar a un subconjunto de familias repetitivas. Este último enfoque constituye un primer acercamiento prometedor para el desarrollo de nuevas funciones de distancia bajo un esquema de cambio de alfabeto. Por último\, se plantean nuevas variaciones de esta función para evaluar en líneas futuras.
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SUMMARY:Defensa Tesis Licenciatura Tomás Miguez
DESCRIPTION:Título: Una Extensión Composicional de λρ° mediante Descomposición de Pauli\nDirector: Alejandro Díaz-Caro\nJurados: Rafael Romero\n                Romain Péchoux \nResumen:\nExtendemos el cálculo lambda cuántico λρ°\, un cálculo que manipula matrices de densidad con control probabilístico\, con un operador let. El cálculo original\, propuesto por Díaz-Caro\, permite la expresión de algoritmos cuánticos donde los datos se representan mediante matrices de densidad en lugar de vectores de estado\, sin necesidad de llevar un registro separado de dichos datos. Sin embargo\, carece de un mecanismo para descomponer un estado cuántico de múltiples qubits en sus componentes individuales. Nuestra extensión introduce un constructor let x⊗ⁿ = ρⁿ in t que\, mediante la descomposición de Pauli y la descomposición espectral de las matrices de Pauli\, expresa cualquier estado de n qubits como combinación lineal de productos tensoriales de estados de un único qubit. Esto permite a los programas operar sobre qubits individuales de un sistema compuesto de manera algebraicamente coherente. Adicionalmente\, presentamos una interpretación semántica simplificada de λρ° que elimina el seguimiento de los resultados de medición. Presentamos la gramática extendida\, el sistema de reescritura\, el sistema de tipos y la interpretación semántica del cálculo resultante\, y demostramos las propiedades fundamentales de Subject Reduction\, Progress\, Strong Normalisation\, Soundness y Adequacy. Además\, mostramos que cuando una variable ligada por el let no aparece libre en el cuerpo\, el constructor computa correctamente la traza parcial sobre los qubits descartados\, respetando así el teorema de no-borrado cuántico.\n\nIdioma de la defensa: Inglés
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