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SUMMARY:Defensa Tesis Licenciatura Maia Tanenzapf
DESCRIPTION:Título: «Repeticiones Maximales para la Estimación de la Diversidad en\nMetagenomas»\nDirectores: Pablo Turjanski\, Esteban Lanzarotti\nJuradas: Verónica Becher\, Maria Elena Buemi \nDía y hora: Viernes 17 de Julio\, 13:00hs \nResumen \nLos avances en las tecnologías de secuenciación de ADN producidos en\nla última década permitieron generar grandes cantidades de datos\nnuevos para analizar. A partir de esto\, aplicaciones como la\nmetagenómica tomaron relevancia. Esta consiste en analizar el ADN de\nlos diferentes microorganismos que componen una comunidad a partir de\nmuestras provenientes de distintas fuentes\, por ejemplo\, de estudios\nambientales de suelo o de análisis clínicos de sangre. Las\nlimitaciones actuales de las tecnologías de secuenciación no permiten\nobtener los genomas completos de los microorganismos presentes en\nestas muestras\, es por esto que uno de los desafíos que se presenta en\nla actualidad es poder determinar las especies que componen un\nmetagenoma a partir de sus lecturas. En este trabajo buscamos un\nmétodo para la estimación de la diversidad de metagenomas de bacterias\na partir del cálculo de intervalos maximales de repetición. Para esto\nutilizamos una adaptación del algoritmo propuesto por Ilie et al. para\nel cálculo de estos intervalos y analizamos la relación entre\ndistintas propiedades de los mismos y la cantidad de genomas\nutilizando metagenomas simulados. A partir de este análisis formulamos\nun modelo que\, utilizando los intervalos de repeticiones maximales de\nun metagenoma\, permite estimar la cantidad de genomas que lo integran. \nEvaluamos nuestro método en metagenomas simulados a partir de genomas\nde bacterias conocidos obteniendo una buena estimación de la cantidad\nde genomas que lo componen. Adicionalmente utilizamos un conjunto de\nmetagenomas de virus generado en el trabajo de Roux et al. de manera\nde proveer una validación independiente de los datos usados para\nobtener el modelo. En este caso obtuvimos un error de escala muy alto\nal estimar la diversidad\, pudiendo deberse a que los datos utilizados\nfueron generados a partir de virus mientras que nuestro modelo utilizó\nbacterias o a que en el trabajo de Roux se utilizan entre 500 y 1000\nvirus mientras que nosotros utilizamos solamente 40 bacterias. Sin\nembargo\, sí encontramos cierta correlación al utilizar nuestro método\npara ordenar los metagenomas según la cantidad de genomas.
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